Основная квалификация Гран-при Чехии состоялась в субботу, 20 июня, на автодроме в Брно. Аи Огура показал время 1:51.139, обеспечив себе стартовую позицию.
Второе место занял итальянец Фабио Ди Джаннантонио из «Дукати», уступивший лидеру 0.211 секунды. Третьим финишировал его соотечественник и двукратный чемпион серии Франческо Баньяя, также представляющий «Дукати», с отставанием 0.244 секунды.
В пятёрку лучших также вошли Марко Бедзекки («Априлья»), занявший четвёртое место с отставанием 0.289 секунды, и Марк Маркес («Дукати»), который стал пятым, уступив 0.297 секунды. Для Аи Огуры этот поул стал первым в его карьере в MotoGP.