Кейн дебютировал за «Баварию» в Суперкубке 2023 года против «РБ Лейпцига». Тогда его команда выиграла 3:0, но сам дебют получился не таким, на какой рассчитывал капитан сборной Англии. Дальше всё пошло значительно лучше.
Кейн стал первым англичанином, который закончил сезон Бундеслиги с титулом лучшего бомбардира. Раньше у него было три Золотых бутсы английской Премьер-лиги. Он также первый в истории Бундеслиги, кто становился лучшим снайпером в первых трёх сезонах подряд. До этого такого добивались только Роберт Левандовски и Герд Мюллер.
В Лиге чемпионов Кейн в сезоне 2023/24 забил восемь голов и разделил первое место с Килианом Мбаппе. А в сезоне 2024/25 он первым из англичан набрал 10 голов в одной кампании Лиги чемпионов. Девять матчей подряд с голом в турнире делают его лишь четвёртым игроком в истории, у кого это получалось.
Всего на 15 октября 2026 года у Кейна 11 хет-триков в Бундеслиге. По этому показателю он обошёл Мюллера, которому понадобилось 183 матча, тогда как Кейну хватило 94. Больше хет-триков в лиге оформили только Мюллер (32), Левандовски (16), Марио Гомес и Клаус Фишер (по 12). Ещё 13 хет-триков у него во всех турнирах за «Баварию».
