Пепе провел в «Реале» десять сезонов, с 2007 по 2017 год, и завоевал 14 трофеев — три чемпионства Ла Лиги и три Кубка Лиги чемпионов. После ухода из мадридского клуба он выступал за турецкий «Бешикташ» и португальский «Порту».
Защитник завершил профессиональную карьеру в августе 2024 года. Помимо испанского, турецкого и португальского клубов, в его карьере были «Маритиму» и сборная Португалии.
Мадридский клуб обсуждает кандидатуру Пепе для пополнения тренерского штаба, который формирует Моуринью.