Раул Фернандес достиг вершины после серии нагромождений аварий. Заезд первой квалификации прошёл в хаосе: Йоханн Зарко упал дважды, со второго раза одновременно с Джеком Миллером. Его товарищ по команде Диого Морейра также перевернулся, как и Энеа Бастианини и Ай Огура.
Беццеччи, начинавший день в роли быстрейшего во второй сессии практики, мог претендовать на поул, но вынужден был свернуть лучший круг из-за жёлтых флагов в последнем повороте после аварии Фермина Алдегуэра. Огура в пятницу попал в беду, ещё раз упав на первой квалификации, но всё же пробился в решающий раунд, где занял седьмую позицию.
Третьим на стартовой решётке стал Фабио Джанантонио на Ducati, что стало неожиданностью второй квалификации. Маркес и Мартин готовились к быстрым кругам позади Фернандеса, что помешало их сосредоточению. Алдегуэр, преодолев первую квалификацию и упав на второй, сумел добиться шестой позиции на старте.
До квалификации даже сама Ducati ожидала, что Aprilia будет доминировать на выходных в Мандалике. Однако шансы на занятие первых четырёх позиций были подорваны — компромисс уже дан в сетке. Топрак Рагзулиоглу перед квалификацией получил вывих плеча в жестокой аварии на практике, но сумел вправить его и продолжил борьбу.
